M&A・事業承継 SPECIAL REPORT — Vol.1650

株式譲渡と事業譲渡の違いを解説|税務と承継範囲で選ぶ判断の軸

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編集部 / biz-trend編集部(株式会社弥)
| 2026.07.01 公開 | 更新:2026.07.27 | 読了 8分
株式譲渡と事業譲渡の違いを解説|税務と承継範囲で選ぶ判断の軸
Photo by BizTrend 編集部 / 2026.07.01

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会社や事業を譲り渡す局面で、最初にぶつかる分岐が「株式譲渡」と「事業譲渡」のどちらを採るかという論点です。中堅企業の経営者にとって、この選択は手取り額・税負担・取引先との契約・従業員の処遇まで広く影響します。同じ「会社を譲る」でも、移転する範囲も課税の仕組みも大きく異なります。本記事では、両手法の違いを税務と承継範囲の観点から整理し、自社にどちらが向くかを判断する軸を提示します。

結論:株式譲渡は会社の株式そのものを売買し、経営権・契約・許認可・従業員を会社ごと包括的に引き継ぐ手法です。一方の事業譲渡は、特定の事業に関わる資産・負債・契約を個別に選んで切り出す手法で、簿外債務などのリスクを買い手に引き継がせない設計にしやすい反面、契約や許認可は原則として結び直しが必要です。オーナーが株式を保有する中堅企業の全部承継では株式譲渡が選ばれやすく、一部事業の切り出しや負債を分離したい局面では事業譲渡が候補になります。

株式譲渡と事業譲渡:移転する範囲が根本的に違う

株式譲渡は、株主が保有する株式を買い手に売却する取引です。会社という法人格はそのまま残り、その所有者が入れ替わるだけなので、会社が持つ取引契約・許認可・従業員の雇用・資産・負債は、原則として会社に紐づいたまま新オーナーへ承継されます。手続きが比較的シンプルで、中小・中堅企業のM&Aで最も多く用いられる手法とされています。

事業譲渡は、会社の中にある「特定の事業」を構成する資産・負債・契約・人員を個別に選んで譲り渡す取引です。売り手の法人格は残り、買い手は欲しい事業だけを取得できます。不採算事業を切り離す、複数事業のうち一つだけを譲る、といった柔軟な設計ができる一方、契約や許認可は包括承継されず、取引先との契約は巻き直し、許認可は再取得が必要になる場面が多くなります。

税務と手続きの比較:消費税・課税対象・債務の扱い

両手法は税務の取り扱いが大きく異なります。下表は一般的な相違点を整理した目安です(個別の課税関係は取引内容や時期で変わるため、税理士・公式情報でご確認ください)。

比較軸 株式譲渡 事業譲渡
移転対象 株式(会社全体) 選択した事業の資産・負債・契約
経営権 会社ごと移転 移転しない(法人格は売り手に残る)
契約・許認可 原則そのまま承継 結び直し・再取得が必要な場合が多い
消費税 課税対象外 課税資産の譲渡部分は課税対象
売り手への課税(目安) 株主個人の譲渡所得課税 法人の譲渡益に法人課税
簿外債務リスク 買い手が会社ごと引き継ぐ 選択しない負債は切り離しやすい

買い手目線で見ると、株式譲渡は会社丸ごとを取得するため、貸借対照表に載っていない簿外債務や偶発債務まで引き受けるリスクがあります。事業譲渡は引き受ける範囲を契約で限定できるため、こうしたリスクを遮断しやすいのが利点です。売り手目線では、株式譲渡は株主個人の譲渡所得として比較的フラットな税率で課税されやすいのに対し、事業譲渡は法人に譲渡益が立つため、最終的に株主の手元に資金を移すまでの税負担を含めて試算する必要があります。資金繰りや調達手段の全体像は事業資金の調達方法の選び方もあわせて確認しておくと、譲渡後の資金計画を立てやすくなります。

判断の起点:「会社を丸ごと譲りたいか、欲しい/譲りたい事業だけを切り出したいか」が最初の分岐です。全部承継・後継者不在の解消なら株式譲渡が起点になり、不採算事業の整理や負債分離が目的なら事業譲渡が起点になります。そのうえで、消費税の有無・手取り額・契約巻き直しの手間という3点を、自社の実情に当てはめて比較してください。

株式譲渡:会社全体を包括承継 資産・負債・契約・許認可・従業員 一括 事業譲渡:必要な範囲だけ切り出し 選んだ事業 残す事業・負債 向く局面の目安 株式譲渡:全部承継・後継者不在の解消 事業譲渡:一部事業の整理・負債の分離 税務:消費税の有無と手取り額で試算 契約:許認可の再取得要否を事前確認
株式譲渡と事業譲渡の移転範囲の違い(一般的な整理にもとづく概念図)
QuQuMo Online(オンラインファクタリング)

事業承継の局面ではどちらを選ぶか

後継者不在を理由に第三者へ会社を引き継ぐ場合、従業員の雇用や取引先との関係を維持しやすい株式譲渡が選ばれる傾向があります。会社がそのまま存続するため、社名・契約・許認可が維持され、現場の混乱を抑えやすいからです。親族や役員へ承継する場面では、自社株の評価額が高いと贈与税・相続税の負担が重くなるため、事業承継税制(特例措置)の活用が検討されます。ただし特例措置の特例承継計画の提出期限や、贈与・相続の適用期限には期日が設けられており、活用を考えるなら早めの確認が欠かせません。経営者保証の引き継ぎを避けたいといった論点は経営者の個人連帯を外すガイドラインの論点が参考になります。

一方、複数の事業を営む中堅企業が、コア事業に集中するために周辺事業を整理する局面では事業譲渡が候補です。買い手が引き受ける資産・負債・契約を契約書で個別に定義できるため、譲り渡したくない負債を残せます。買い手にとっても、想定外の債務を背負うリスクを抑えられる点が選好されます。

専門家を交えて検討すべき論点

どちらの手法も、税務・法務・労務が複雑に絡みます。株式譲渡では株価評価とデューデリジェンス、事業譲渡では契約の巻き直しと従業員の転籍同意が論点になります。手取り額の最大化だけを追うと、契約承継の手間や許認可の空白期間で事業に支障が出ることもあるため、税理士・弁護士・M&Aアドバイザーを交えた多面的な検討が現実的です。資本効率や財務指標の観点から譲渡後の経営を考えるならROICとは(資本効率を高める経営指標の基礎)もあわせてご覧ください。

譲渡の目的別・あなたに合う手法(モデルケース)

同じ「会社・事業の譲渡」でも、何をどこまで引き継ぎたいかによって、株式譲渡と事業譲渡のどちらが向くかは変わります。自社に近いタイプを起点に、自社の譲渡計画へ当てはめてみてください。

タイプA:会社をまるごと引き継いでもらいたい(例:後継者不在で会社全体を譲りたい)

おすすめは株式譲渡です。株主が変わるだけで会社はそのまま存続するため、許認可や契約、雇用を比較的そのまま引き継ぎやすい手法です。一方で簿外債務も原則として引き継がれるため、買い手側の調査が慎重になりやすい点は理解しておきます。

タイプB:一部の事業だけを切り出して譲りたい(例:複数事業のうち1つを譲渡したい)

おすすめは事業譲渡です。譲渡する資産・負債・契約を個別に選べるため、引き継ぐ範囲を限定できます。手続きは個別の移転が必要で煩雑になりやすく、消費税の課税対象になる点もあわせて確認してください。

タイプC:特定の債務やリスクを引き継がせたくない(例:係争中の案件や不要資産がある)

おすすめは範囲を選べる事業譲渡です。承継する対象を契約で線引きできるため、引き継ぎたくない債務やリスクを切り離しやすくなります。ただし債権者保護や契約の個別同意などの手続きが伴うため、専門家と段取りを設計してください。

タイプD:税負担と手続きの軽さを重視したい(例:できるだけ簡潔に承継を済ませたい)

おすすめは税務と手続きの両面からの比較検討です。株主個人に課税される株式譲渡と、会社に課税され消費税も関わる事業譲渡では、税務の扱いが大きく異なります。手取りと手続き負担は前提条件で入れ替わるため、顧問税理士と試算したうえで起点を決めてください。

複数のタイプに当てはまる場合は、譲渡の目的ごとに手法を使い分けるのが現実的です。いずれの場合も、承継する「範囲」と「税務」の二軸で起点を決める姿勢が判断の支えになります。

まとめ:範囲と税務の二軸で起点を決める

株式譲渡は「会社全体を包括的に」、事業譲渡は「必要な範囲だけを個別に」承継する手法です。全部承継・後継者問題の解消なら株式譲渡、一部事業の整理や負債分離なら事業譲渡が起点になります。最終的な選択は、手取り額・消費税・契約巻き直しの手間・簿外債務リスクを自社の実情に当てはめ、専門家とともに試算したうえで判断するのが堅実です。

よくある質問

Q. 株式譲渡と事業譲渡の一番の違いは何ですか

A. 移転する範囲が根本的に異なります。株式譲渡は経営権・契約・許認可・従業員を会社ごと包括的に引き継ぎ、事業譲渡は特定の事業に関わる資産・負債・契約を個別に選んで切り出します。契約や許認可は事業譲渡では結び直しや再取得が必要になる場面が多くなります。

Q. 税務の取り扱いはどう違いますか

A. 株式譲渡は消費税の課税対象外で、売り手は株主個人の譲渡所得として課税されやすい一方、事業譲渡は課税資産の譲渡部分が消費税の課税対象となり、法人に譲渡益が立ちます。個別の課税関係は取引内容や時期で変わるため、税理士・公式情報でご確認ください。

Q. 事業承継ではどちらが選ばれやすいですか

A. 後継者不在を理由に第三者へ会社を引き継ぐ場合、従業員の雇用や取引先との関係を維持しやすい株式譲渡が選ばれる傾向があります。一方、コア事業に集中するために周辺事業を整理する局面では事業譲渡が候補になります。

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手法の方向性が見えたら、企業価値の見積もりや承継の基礎、仲介選びもあわせて確認すると効果的です。目的に近いものから読み進めてみてください。

本記事は情報提供を目的とした一般的な解説であり、特定の手法を推奨するものではありません。M&A・事業承継に関する税制・要件・課税関係は改正や個別事情によって変わります。実際の検討にあたっては、税理士・弁護士・M&Aアドバイザーなどの専門家に事前にご相談ください。



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